De Stichting SBOH is in 1989 op verzoek van het ministerie van VWS opgericht om te kunnen fungeren als landelijk werkgever voor de artsen in opleiding tot huisarts. Om dit te kunnen faciliteren is een Cao SBOH afgesloten met de LAD. In deze cao zijn salaristredes voor de aios huisartsgeneeskunde opgenomen. Initieel ontbrak een pensioenregeling. Om dit te regelen is een ondernemingspensioenfonds opgericht en bouwden de aios huisartsgeneeskunde vanaf 2004 pensioen op bij Pensioenfonds Huisartsen in Opleiding (Pensioenfonds HAIO).
In 2007 is de opleiding tot specialist ouderengeneeskunde toegevoegd aan het werkgeverschap van SBOH en moesten zij toegevoegd worden aan de Cao SBOH. De aios oudergeneeskunde bouwden pensioen op bij pensioenfonds PFZW. De pensioenpremie van pensioenfonds PFZW was echter aanzienlijk hoger dan de premie voor de aios huisartsgeneeskunde bij Pensioenfonds HAIO. De kosten van de pensioenpremie worden altijd verdeeld over de werkgever en de werknemer. Hierdoor zou het netto salaris voor de aios ouderengeneeskunde lager uitvallen. Om op hetzelfde netto salaris uit te komen voor beide aios-groepen was het daarom noodzakelijk dat er aparte, hogere (bruto) salaristredes voor de aios ouderengeneeskunde werden ingevoerd. Deze kosten werden door VWS opgenomen in de subsidie. De aios van alle opleidingen die daarna volgen bouwden eveneens pensioen op bij pensioenfonds PFZW. Daarom kregen zij in de Cao SBOH ook dezelfde salaristredes als de aios ouderengeneeskunde. Ook deze kosten werden door de NZa en VWS overgenomen in de subsidietarieven. Er was voor de aios huisartsgeneeskunde dus sprake van een lager bruto salaris, maar na betalen van belasting en premies was het netto salaris dat uitbetaald werd even hoog als bij de andere aios binnen SBOH.
Vanaf 2021 bouwen alle aios huisartsgeneeskunde verplicht pensioen op via pensioenfonds SPH. Deze overgang van pensioenfonds had geen gevolgen voor het netto salaris van de aios. In 2022 heeft pensioenfonds SPH echter voor alle deelnemers de pensioenpremie aanzienlijk verhoogd. De kosten van de pensioenpremie worden altijd verdeeld over de werkgever en de werknemer. Door de stijging van de pensioenpremie bij SPH gingen alle aios huisartsgeneeskunde als werknemer dus ook meer premie betalen, waardoor hun netto salaris daalde. Het netto salaris van de aios huisartsgeneeskunde was hierdoor niet langer gelijk aan dat van de andere aios binnen SBOH.
SBOH wordt gefinancierd door subsidies en bijdragen vanuit opleidingsinstellingen en heeft geen andere inkomsten. Om de ontstane salarisverschillen binnen SBOH te kunnen verkleinen is het daarom noodzakelijk dat er structureel meer subsidie komt. Samen met het veld en de aios-verenigingen heeft SBOH dan ook in 2023 aan minister Kuipers van VWS een brief gestuurd met het dringende verzoek om structureel aanvullend budget beschikbaar te stellen om de salarisverschillen aan te kunnen pakken.
Daarnaast heeft SBOH in augustus 2023, na de val van het kabinet, alle politieke partijen opgeroepen om in hun verkiezingsprogramma’s meer budget op te nemen voor betere arbeidsvoorwaarden voor de artsen in opleiding in de eerste lijn. Een dergelijke brief is ook gestuurd aan de informateurs om mee te nemen bij de vorming van het nieuwe kabinet. Demissionair minister Kuipers zette de beantwoording van het verzoek van SBOH door naar zijn opvolger. Ondanks intensief contact vanuit SBOH met het ministerie van VWS kwam er geen antwoord. In oktober 2024 heeft SBOH dan ook weer een brief gestuurd aan minister Agema met een herhaling van het dringende verzoek om structureel aanvullend budget beschikbaar te stellen. Begin januari 2025 kwam uiteindelijk de teleurstellende reactie het ministerie dat er geen additionele middelen toegekend gaan worden.